Chardonnay - Clones, cruces y mutaciones
En 2006, los viñedos franceses habían adoptado 34 clones diferentes de chardonnay, procedentes de la Universidad de Borgoña, en Dijon. Estos clones, conocidos como clones de Dijon, se crearon por su adaptabilidad, y los propietarios de los viñedos seleccionaron el clon más adecuado para sus tierras que produjera las características deseadas del vino.

Los clones Dijon-76, 95 y 96 son más concentrados en racimos de sabor. Los clones Dijon 77 y 809 producen vinos más aromáticos con perfume a uva, mientras que los Dijon 75, 78, 121, 124, 125 y 277 son clones más vigorosos y flexibles. Entre las variedades del Nuevo Mundo figuran los clones Mendoza, que producen algunos de los primeros chardonnays de California.

Algunos clones de Mendoza pueden desarrollar millerandage, también conocido como gallina y pollito, cuando las bayas se desarrollan de forma desigual en Oregón. El clima del valle de Willamette es similar al de Borgoña. Los nuevos clones de Dijon han producido algunos éxitos en esas regiones del valle.
El híbrido chardonel, creado en 1953 en la Estación Experimental Agrícola del Estado de Nueva York como cruce entre chardonnay y seyval blanc, es un ejemplo de uva híbrida franco-americana. El chardonnay también se ha utilizado como pariente de algunas uvas híbridas franco-americanas, así como para cruces con otras variedades de vitis vinifera.
Entre ellas se encuentra el híbrido chardonel, que fue un cruce entre chardonnay y seyval blanc producido en 1953 en la Estación Experimental Agrícola del Estado de Nueva York.

También se producen uvas chardonnay rosadas. El chardonnay blanc musqué, por ejemplo, es intensamente aromática. Maconnais de Clessé, donde se produce la rara uva rosa chardonnay, también es chardonnay blanc musqué, y a veces aparece como el clon Dijon-166 en Sudáfrica, con cualidades aromáticas similares a la uva moscatel.
La uva híbrida ravat blanc, creada en los años 30 cruzando el chardonnay con la uva seibel, deriva del chardonnay.

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